Замърсяването в началото на българския участък на река Дунав с различни отпадъци е предимно външно, идва от съседните държави – Румъния и Сърбия, казват специалисти от Дирекция „Речен надзор“ – Лом. Много от преминаващите товарни и туристически кораби изхвърлят пластмасовия си боклук и отпадъците от кухнята в реката. При падане на нивото на Дунав боклуците заемат големи площи и се носят по течението, а някои от тях се утаяват по бреговете. Много от реките, които се вливат в българския участък на Дунав също го замърсяват с изхвърлените в тях отпадъци. Живеещите в населените места край Дунав са едни от основните замърсители – речният бряг край тези селища е заринат с боклуци. По традиция всяка година на 29 юни когато се отбелязва Денят на река Дунав се организират акции за почистване на речния бряг край по-големите селища. Във Видин акцията е организирана от Екоклуб към туристическото дружество „Бонония“, в Лом излизат деца от местните училища, които чистят дунавския бряг.
Боклуците създават проблеми за флората и фауната по реката, която е дом на много растителни и животински видове. Речното корито е най-голямата заблатена територия в Европа. Тук е най-голямото количество тръстика в целия свят. В делтата на Дунав 1700 km2 са обрасли с тръстика. Срещат се и много животински видове. Значителен процент от световната популация от птици живее в териториите покрай реката. От началото до края си Дунав протича през териториите или по границата на десет държави – Германия, Австрия, Словакия, Унгария, Хърватия, Сърбия, България, Румъния, Молдова и Украйна.
